जिल्ह्याचे प्रशासन हे जिल्हाधिकारी कार्यालय, आयुक्त महानगरपालिका, पोलीस आयुक्त, पोलीस अधिक्षक (ग्रामीण), जिल्हा परीषद या कार्यालयामध्ये विभागले आहे.
छत्रपती संभाजीनगर जिल्ह्यातील प्रशासकीय रचना – ५ महसूली उपविभागे, ९ तालुके व १३६२ महसुली गावे आहेत.
जिल्हाधिकारी तथा जिल्हा दंडाधिकारी हे मुख्यतः जिल्ह्याच्या सर्वसाधारण प्रशासनास जबाबदार असतात. जिल्ह्यामध्ये कायदा व सुव्यवस्था राखण्याकरता जिल्हाधिकारी यांना निवासी उपजिल्हाधिकारी तसेच उपविभागीय अधिकारी मदत करतात. तालुक्याचे कायदा व सुव्यवस्था राखण्याची जबाबदारी संबधित तहसिलदार यांची असते. माननीय जिल्हाधिकारी यांच्या सूचना व आज्ञा याचे पालन उपविभागीय अधिकारी व तहसिलदार करतात.
तालुक्याच्या प्रशासनाचे काम तहसिलदार पाहतात. तहसिलदार यांच्या कामकाजावर उपविभागीय अधिकारी तसेच जिल्हाधिकारी यांचे नियंत्रण असते. उपविभागाच्या सर्वसाधारण प्रशासनाची जबाबदारी उपविभागीय अधिकारी यांच्याकडे असते, यावर सुद्धा जिल्हाधिकारी यांचे नियंत्रण असते.
याव्यतिरिक्त माननीय जिल्हाधिकारी हे आयुक्त महानगरपालिका, पोलिस आयुक्त (छत्रपती संभाजीनगर शहर), पोलिस अधीक्षक (छत्रपती संभाजीनगर ग्रामीण) यांच्याशी शहर व जिल्हा मध्ये कायदा व सुव्यवस्था तसेच इतर बाबीकरिता समन्वय साधतात.